平成27年4月1日ないし2日以降の利用調整に関しては、従来の基準から一部変更された基準を基に実施されます。
4月2日以降は「家庭的保育事業等の卒園児の連携施設への最優先利用決定」がなされる事となりました。

家庭的保育事業等の卒園児が、当該家庭的保育事業等の連携施設となっている保育施設等の利用を希望する場合の利用調整においては、保育利用調整基準にかかわらず、当該卒園児を最優先として利用決定を行うものとします。(平成27年4月2日以降からの利用にかかる利用調整について適用します。)

http://www.city.osaka.lg.jp/kodomo/cmsfiles/contents/0000283/283596/riyoucyouseigaiyou.pdf#page=2

恐らくは子ども・子育て支援新制度における利用調整等について(内閣府)が制度趣旨・立法者意思でしょう。
具体的には18ページです。

<卒園後の受け皿について>
○ 小規模保育事業は、受入対象児童が0~2歳であることから、保護者からみると3歳以降に通う施設を探す必要がある。
○ 特に0~2歳の時点で就労し、保育を利用している保護者が、3歳の時点で何らかの施設を利用する必要性は高いことが想定され、また、一般的な子どもの居場所の割合にかんがみると、3歳以降は認定こども園、幼稚園、保育所等の利用者が多くを占めている。
○ そのため、小規模保育事業を卒園した後、確実な受け皿があることが、「再度、受け入れ先を探さずに済む」という保護者の安心、ひいては事業の安定性を確保していくのに重要である。
○ その際、連携施設における受け皿確保に当たっては、保護者の安心感、卒園後の利用希望に基づく選択可能性を踏まえ、例えば、連携施設において移行実績等を踏まえた受入定員枠を目安として設けた上で、より実効性を持たせるよう、小規模保育事業の利用者の個々の移行希望を把握してから最終的な受入枠を設けるなど、地域の実情に応じたルールを定める必要がある。
○ 受け皿対象となる施設に関するルールについては、地域における必要性に応じて、市町村が定めることとする。
○ また、受入枠を設けている連携施設以外の施設(2号認定の利用定員枠を設けている施設)への入所を希望する場合、利用調整を行う市町村において、調整に当たっての優先度を上げるなど、3歳以降のスムーズな利用に結び付けるための措置を講ずることも考えられる。

http://www8.cao.go.jp/shoushi/shinseido/administer/setsumeikai/h260911/pdf/s6-6.pdf#page=19

多くの場合、連携施設は近くの公立保育所が設定されています。
小規模保育施設や保育ママ(保育事業)が多く設置されている都心部の場合、複数の保育事業が同一の公立保育所を連携施設としている例があります。
3歳児入所が厳しくなるどころか、連携施設からの優先入所枠で入所枠が全て埋まってしまう事態も想定されます。
事実上の分園化、と言えるかもしれません。

一方、近くの公立保育所以外の施設が設定されているケースもあります。
具体的には少し離れた公立保育所・同一法人が運営する認可保育所・別の幼稚園等です。
連携施設が登園するのが困難な場所にある場合もあります。
3歳児以降の入所先を連携施設と漠然と想定されている方は注意が必要です。

優先利用決定が適用される平成27年4月2日以降は、3歳児からの保育所入所(特に多くの保育事業の連携施設とされている保育所)が地域によっては困難になるでしょう。
見た目の3歳児入所枠がアテにならなくなりそうです。