気になったのでとある区の保育所担当窓口に訊いてみたところ、即座に回答がありました。
『同点の場合、保育所も小規模保育等も希望順位が選考基準の一つとなります。』との事でした。

分かりやすい例を示します。
点数・申込要件等が全く同一である佐藤さんと山田さんが二次選考等へ申込みを行います。
佐藤さんは一次選考で希望していた保育所で辞退者が出るのを期待し、変更届出書の第1希望に保育所等を、第2希望に小規模保育等を記入しました。
一方、山田さんは「辞退者等は出ない。仮に出ても自分の点数では入所内定にならない。」と判断し、変更届出書の第1希望に小規模保育等を記入しました。

保育所等で辞退者等が発生せずに入所枠が無い場合、小規模保育等の入所選考においては佐藤さんより山田さんが優先されます。
保育利用調整基準(3)順位表3にある「当該保育施設又は保育事業の希望順位が高いもの」で判断されるからです。

二次選考等では決して多くない入所枠に数多くの申込みが行われると予想されます。
区・施設によっては複数の申込者が同一点数で並ぶ恐れがあります(一次選考でもあったそうです)。
変更届出書で利用調整を希望する保育所等・小規模保育等を記入するにあたっては、空き枠が生じる僅かな可能性にかけて一次調整で希望した保育所を改めて第1希望等とするか、当初希望した保育所を諦めて小規模保育等を第1希望等とするか、難しい判断を強いられる形となります。

どちらにすべきかケースバイケースとなります。
辞退者の発生を期待して保育所等を高い希望順位で記入してしまうと、どこにも入所できない可能性は高くなるでしょう。
一方、小規模保育等を高い希望順位で記入すると、当初希望していた保育所で辞退者が発生しても選考対象とはなりません。

入所選考点数・地域の状況・辞退者等の発生可能性・二次選考でも入所保留だった場合の代替手段等、様々な観点を踏まえた上でご判断下さい。
個別のご相談がありましたら各種お問い合わせからお送り下さい。